تاریخ پیدایش این هنر به درستی مشخص نیست ولی از تطبیق آن با هنر کاشی کاری، بدون شک رابطه این دو هنر را درمی یابیم تا اینکه با کشف شانه‌های چوبی معرق کاری در منطقه ۵ هزار ساله شهر سوخته زابل، تاریخ گم شده این هنر به نام ایران مشخص شد.
کاشی کاری معرق در دوران مغول نیز به همین منوال بود و تداول آن در عصر صفوی به اوج شکوفایی خود رسید و آثار ارزنده ای در هنر کاشی کاری پدید آمد. این شکوفایی در زمان افاغنه و زندیه رو به افول نهاد. در دوران قاجاریه نیز کاشی کاری معرق، تقلیدی ناقص از آثار گذشتگان بود. تا این دوران نقش هایی که در کاشی کاری معرق به کار برده می شد نقش ها ی اسلیمی بود. اما با سفر عده ای از هنرمندان به اروپا و گرایش آنان به هنر و فرهنگ اروپایی، تغییرات و دگرگونی های بسیاری در نقشهای کاشی کاری به عمل آمد و از آن پس طرح انسان و دیگر اشکال مانند اسلحه جنگی در هنر کاشی کاری دوران قاجاریه نمایان شد.
سابقه ی معرق كاری و آموزش آن در اداره كل هنرهای سنتی به سال 1309 ه . ش برمی گردد. در دوره پهلوی اول به پایمردی استاد حسین طاهرزاده بهزاد ، گروهی از هنرمندان نام آور هنرهای سنتی از سراسر كشور در تهران گرد هم آمده و مدرسه صنایع مستظرفه را بنیاد گذاشتند. این مؤسسه از دیرباز تا به امروز با عنوان های گوناگونی مانند: مدرسه صنایع قدیمه و هنرستان هنرهای ملی، اداره هنرهای ملی و مدتی نیز به عنوان یكی از واحدهای اداره كل آفرینش هنری و ادبی در وزارت فرهنگ و هنر سابق، در تعالی و تكامل هنرهای سنتی سهم بسزایی داشته است. این اداره كل در سال 1346 به اداره ی كارگاه های هنری تغییر نام داد. در طی سالیان، معرق همپای حركت زمان پیشرفت كرد و تحولات و نوآوری های مختلفی در آن پدیدار شد. برای آشنایی با مسیر حركت این هنر، باید به اولین كارگاه منبت و معرق اشاره كرد كه در سال 1310 تحت سرپرستی استاد احمد امامی، تأسیس شد باید اشاره كرد و همچنین از اساتید متقدمی چون پرویز زابلی، عباس شهمیرزادی ، علی و خلیل امامی ، و احمد رعنا یاد كرد. ابتدا اهم فعالیت آن كارگاه، منبت كاری بود و به تدریج در كنار آن هنر معرق نیز پای گرفت.
اما درباره منبت بنا به اسناد و مدارک موجود منبت کاری در ایران متکی به سابقه‌ای بیش از هزار و پانصد سال است و حتی عده یی از محققان به صراحت اظهار نظر نموده‌اند که قبل از ظهور ساسانیان نیز منبت کاری در ایران رواج داشته، ولی هیچ بازماندهٔ تاریخی که این ادعا را اثبات کند در دست نیست. ولی بی شک می‌توان سر ستون‌های داخلی کاخ‌های تخت جمشید را از ان احتمالات نام برد.
قدیمی‌ترین اثر منبت موجود که تاریخ نیمهٔ اول قرن سوم هجری قمری را دارد یک لنگه در چوبی متعلق به مسجد جامع عتیق شیراز است که در دورهٔ عمر و بن لیث صفاری ساخته شده و دارای زیرسازی از چوب تبریزی می‌باشد و روی آن با خلال‌هایی از چوب گردو و نقوش پر ضلعی بسیار زیبایی زینت شده و بعد از آن باید یک سر در منبت کاری شده از چوب کاج را مورد اشاره قرار داد که ساخت قرن چهارم هجری قمری است و روی آن با ظرافت کامل خط وط کوفی با قط ری حدود سه سانتی‌متر کنده کاری شده‌است.
بعد از ظهور اسلام و با توجه به شیوع روحیهٔ ساخت مراکز و مساجد اسلامی، هنرمندان ایرانی جزو اولین کسانی بودند که تمامی‌توان و استعداد خویش را صرف تزئین مساجد کردند و به موازات هنر نمایی معماران، کاشیکاران سنگتراشان، گچبرها و… منبت کاران نیز جذب فعالیت در این زمینه شدند و آثاری به وجود آوردند که متأسفانه امروزه نمونه‌های زیادی از آن‌ها در دست نیست ولی به اتکای همان باقیمانده‌های ناچیز می‌توان گفت آنچه برای تزئین مساجد و به شکل منبر، رحل قرآن و در و پنجره ساخته شده نمونهٔ بسیار ارزنده یی از ذوق و هنر ایرانیان است.
در دورهٔ صفویه، با توجه به اینکه ساخت ابنیهٔ مذهبی و نیز کاخ‌های سلطنتی در ایران افزایش چشم گیر و محسوسی یافت عدهٔ زیادی از هنرمندان به اصفهان که مرکز کشور بود و اکثر ابنیهٔ مورد اشاره در آن احداث می‌شد روی آوردند و تجمع این هنرمندان در یک نقطه به ویژه شهر گلپایگان، که تبادل تجربیات از اولین برآیندهای آن بود باعث شد تا آثاری ماندنی و اعجاب‌انگیز به وجود آید.